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Une zoonose est une maladie infectieuse qui est passée de l'animal à l'homme. Les agents pathogènes zoonotiques peuvent être d'origine bactérienne, virale ou parasitaire, ou peuvent impliquer des agents non conventionnels et se propager à l'homme par contact direct ou par les aliments, l'eau ou l'environnement.

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Parmi les zoonoses transmises par des ESOD, nous retrouvons :

- la leptospirose, transmise par le rat musqué et le ragondin, entre autres ;

- la baylisascariase, infection transmise par le raton laveur

- l'échinococcose alvéolaire, transmise par le renard

- la rage. Même si la France remplit les conditions de pays indemne de rage depuis 2010 (dernier cas en 2019), compte tenu des risques de réintroduction, la situation française fait l'objet d'une surveillance permanente.

- la tuberculose bovine, transmise par le blaireau (espèce pas considérée nuisible, donc chassable mais pas piégeable)